| Item type |
学術雑誌論文 / Journal Article(1) |
| 公開日 |
2023-02-28 |
| タイトル |
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タイトル |
極小かつ非冗長な可変長ワイルドカード領域をもつ頻出パターンの抽出 |
| タイトル |
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タイトル |
Extraction of Non-redundant Frequent Sequence Patterns with Minimum Cover on Variable-Length Wildcard Regions |
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言語 |
en |
| 言語 |
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言語 |
jpn |
| キーワード |
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主題 |
配列パターン抽出 |
| キーワード |
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主題 |
可変長ワイルドカード領域 |
| キーワード |
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主題 |
オカーレンス |
| キーワード |
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主題 |
スコープデータベース |
| 資源タイプ |
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資源タイプ識別子 |
http://purl.org/coar/resource_type/c_6501 |
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資源タイプ |
journal article |
| 著者 |
加藤, 智之
北上, 始
森, 康真
田村, 慶一
黒木, 進
KATO, Tomoyuki
KITAKAMI, Hajime
MORI, Yasuma
TAMURA, Keiichi
KUROKI, Susumu
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| 抄録 |
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内容記述タイプ |
Abstract |
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内容記述 |
筆者らは，分子配列データベースから生物学的に重要な機能をもつ特徴的なパターンであるモチーフの候補である頻出パターンを抽出するために，極小な可変長ワイルドカード領域をもつ頻出パターンを導き出す方法を提案する．この方法は，k-頻出パターン(長さkの頻出パターン)から(k+1)-頻出パターンを生成するパターン成長アプローチを拡張し，k-頻出パターンごとにスコープデータベースを作成する．k-頻出パターンのスコープデータベースは，従来の射影データベースに含まれるスキャン開始位置の情報に、ユーザにより定められた参照範囲の情報とそれまでに求まった可変長のk-頻出パターンに対するすべてのオカーレンスの情報を加えている．これにより，抽出される可変長の(k+1)-頻出パターンの可変長ワイルドカード領域が非極小，または冗長になることを回避することができる．スコープデータベースの有効性を示すため，PROSITEからLeucine Zipper モチーフ及びZinc Finger モチーフを含むデータセットをそれぞれ取り出し，各データセットに対して可変長の頻出パターンを抽出する能力の評価を行ったので，その結果を報告する． |
| 書誌情報 |
電子情報通信学会論文誌. D, 情報・システム
巻 J90-D,
号 2,
p. 281-291,
発行日 2007-02
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| 出版者 |
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出版者 |
電子情報通信学会 |
| ISSN |
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収録物識別子タイプ |
ISSN |
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収録物識別子 |
18804535 |
| 権利 |
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権利情報 |
copyright©2007 IEICE |
| 関連サイト |
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識別子タイプ |
URI |
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関連識別子 |
http://www.ieice.org/jpn/trans_online/ |
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関連名称 |
http://www.ieice.org/jpn/trans_online/ |
| フォーマット |
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内容記述タイプ |
Other |
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内容記述 |
application/pdf |
| 著者版フラグ |
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出版タイプ |
VoR |
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出版タイプResource |
http://purl.org/coar/version/c_970fb48d4fbd8a85 |
論文誌D90-2.pdf (453.6 kB)
